Происходит от англ. Trojan с тем же значением < усечение устойчивого выражения Trojan horseтроянский конь из древнегреческой легенды о применении военной хитрости во время осады греками города Троя (англ. Troy), когда после безуспешных попыток штурма города греки сделали вид, что отступают и оставили в подарок жителям Трои фигуру большого деревянного коня; жители города открыли городские ворота и поместили коня в городе, где из фигуры выскочили спрятанные там греческие воины и захватили город. Аналогичным образом вредоносные компьютерные трояны незаметно проникают в компьютер и получают несанкционированный доступ к его данным.
Троян < троянская (компьютерная) программа, где троянский – вторичное заимствование слова в переносном значении. Далее из др.-греч.Τροία (варианты: Τρῴα, Τρωΐα) «Троя», далее из неустановленной формы; предполагается анатолийское происхождение; связывают с именем мифического фригийского царя Троса (др.-греч.Τρώς). В ряде европейских языков слово заимств. через лат.Troia.