русскаяфамилия◆ Мы за другим следим: следим за тем, как мучительно ищет себя подросток Митя Лопухин. Л. Р. Кабо, «Табель без троек», 1976 г. // «Советский экран»[НКРЯ]◆ Сюда приезжали Лопухины: три сестры и брат Алексей Александрович, с которым Лермонтов и прежде и после оставался в самой искренней дружбе. П. А. Висковатый (Висковатов), «Жизнь и творчество М. Ю. Лермонтова», 1891 г.(цитата из Библиотеки Максима Мошкова, см. Список литературы)
Скорее всего, от народного названия болезни лопуха́ — оспа или скарлатина. Почему людей именовали по болезням, см. в объяснениях фамилий Желтухин, Золотухин. Лопухо́й или лопухо́м называют также растения с большими листьями, то есть репейник, чертополох.